1、當事人相應的資質(zhì)問題導致合同無效或合同主體不適格。目前部分施工單位為了規(guī)避資質(zhì)問題達到中標結(jié)果，借用其他單位的資質(zhì)證書或者以其他企業(yè)的名義投標，所得利益內(nèi)部分成。這樣的施工合同往往以報價低廉、工程質(zhì)量標準要求低、工期不確保、程序簡單、監(jiān)管不到位為特點。規(guī)避的方式多為證書借用、名義頂替、實為獨立明為附屬等。筆者認為不具備上述資質(zhì)、資格或者超越資質(zhì)證書的等級范圍而訂立的建設(shè)工程施工合同應從法律上講應認定為無效合同，但從實務操作上論為保護當事人雙方的既得利益，維護正常的社會秩序和經(jīng)濟秩序應具體對待。
2、聯(lián)營共建問題。建設(shè)工程領(lǐng)域內(nèi)聯(lián)營共同成立項目部或指揮部共建一項工程很常見，主要是一個單位資金人力不足，利益驅(qū)使和其他單位聯(lián)合參與共建一項工程。常見于邀請招標、協(xié)議工程、內(nèi)部工程等中小規(guī)模工程。此類合同往往因聯(lián)營方因為利益分配、人員管理、工程分工問題而產(chǎn)生糾紛，致使工程不能順利開展，導致發(fā)包人的利益損失。并且一旦發(fā)生糾紛一方當事人如果將未參與發(fā)包、簽約過程的聯(lián)建單位作為案件當事人，由于其并不是建設(shè)工程合同的當事人，便會出現(xiàn)是否有依據(jù)判令其承擔合同責任的問題。由于目前尚無明確的法律規(guī)定，各法院在實踐中做法不一，影響了執(zhí)法的統(tǒng)一性。
3、非法轉(zhuǎn)包、分包問題。《招投標法》和《建設(shè)工程施工招標投標管理辦法》都明確規(guī)定了禁止承包人非法轉(zhuǎn)包和違法分包建設(shè)工程。但實踐中，很多發(fā)包企業(yè)監(jiān)管不利或者說忽視該現(xiàn)象存在，從而導致非法轉(zhuǎn)包、分包問題發(fā)生頻繁，最終一旦出現(xiàn)糾紛責任主體難以認定，承包方相互推卸責任，從而導致工程的交付日期和質(zhì)量不能保證。
4、規(guī)避招投標程序或程序違法，在實踐過程中很多發(fā)包方為圖省事、節(jié)省開支而規(guī)避法律使必須通過招標的工程采取邀請招標或直接談判的方式進行，因為該合同違反法律強制性規(guī)定而無效。
上述問題的解決方法《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》已作出解釋和處理辦法，根據(jù)最高人民法院的司法解釋以及現(xiàn)實中的實際情況，筆者認為應做如下處理：
首先，有關(guān)施工資質(zhì)不合格及規(guī)避招投標程序的施工合同不應一概認定合同無效，應視工程進展情況而定，如工程尚未開工，合同應認定無效，雙方當事人應根據(jù)法律規(guī)定重新確立有資質(zhì)的當事人或者廢標之后重新組織招投標并簽定合法的建筑工程施工合同；如果工程已經(jīng)開工可根據(jù)工程進度以及特殊情況來決定是否繼續(xù)由施工方施工，但合同相對內(nèi)容應有所改變；如果工程已開工，沒有特殊情況必須由施工方繼續(xù)施工，應改變施工主體，有過錯的一方應承擔過錯賠償責任
其次，有關(guān)聯(lián)營共建問題，聯(lián)營共建與聯(lián)合投標不同，聯(lián)營共建的各方當事人是分散的并且一般都有建設(shè)資質(zhì)，施工合同中的簽約的承建方可能是一個主體也可能是多個主體。而聯(lián)合投標是以一個共同的主體參與投標各方均為建設(shè)施工合同的當事人，聯(lián)合投標主體以資質(zhì)較底的單位確立整體資質(zhì)。筆者認為聯(lián)營共建合同一旦發(fā)生糾紛實際參與者都應是責任的主體，屬必要共同訴訟，但聯(lián)建方的幾個主體內(nèi)部責任的劃分應視各方實際參與經(jīng)營情況而定；聯(lián)合投標的幾個主體根據(jù)合同相對性原則可以確定一個訴訟主體，其他聯(lián)合主體可以被列為第三人。
最后，非法轉(zhuǎn)包、分包問題。該問題不應適用合同相對性原則，非法轉(zhuǎn)包、分包的雙方當事人應為共同被告承擔連帶賠償責任，并為共同訴訟主體。
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